一般认为成书于西汉中期的《黄帝内经》是保留至今最早的中医学基础理论。中医药理论随着时间的推移有所发展，但也有保守性，与时俱进不够，本文对若干问题进行了讨论。阴阳是能描述人体健康状况的基本标志和属性，可以保留，但“金、木、水、火、土”现已不能用来解释复杂的自然现象和健康状况，应予废除。周俊院士建议将“脑”列入五脏之首成为六脏（脑、心、肝、脾、肺、肾），并建议将五脏中“心”、“肝”、“肾”的一部分功能移入“脑”中，六腑中“三焦”可以不列入六腑，五脏六腑即成为六脏五腑。中医的诊断方法是“四诊（望、闻、问、切）”，西医的各种现代仪器诊断更为先进，中西医均可以用，诊断不分中西，快速诊断出疾病是硬道理。中药基础理论始于《内经》但较简单，《神农本草经》又有发展，主要有药性理论（四气五味、性味归经、有毒无毒）和组方理论（七情合和、君臣佐使）。周俊院士认为：药性理论方面，随着科学的发展，许多中草药的化学成分结构已经大体清楚，至于归经，《中华人民共和国药典》就有一药归二到三种经，需要继续总结探讨；组方理论方面，有效单方应该提倡，复方是否有必要分君、臣、佐、使，拮抗作用和协同作用中西医都能接受。以上观点已在《中西医结合学报》发表，详见“Zhou Jun. New Understanding of the Basic Theory of Traditional Chinese Medicine, Chin. J. Integr. Med., 2009, 15 (1): 7-12”。